食物成分不当，大便性质和食物成分关系密切。如食物中含大量蛋白质，而碳水化物不足，肠道菌群继发改变，肠内容发酵过程少，大便易呈碱性，干燥；如食物中含较多的碳水化物，肠道发酵菌增多，发酵作用增加，产酸多，大便易呈酸性，次数多而软；如食入脂肪和碳水化物都高，则大便润利。

饮食不足，婴儿进食太少时，消化后液体吸收余渣少，致大便减少、变稠。奶中糖量不足时肠蠕动弱，可使大便干燥。饮食不足时间较久引起营养不良，腹肌和肠肌张力减低，甚至萎缩，收缩力减弱，形成恶性循环，加重便秘。

肠道功能失常，生活不规律和缺乏按时大便的训练，未形成排便的条件反射导致便秘很常见。另外学龄儿童常因无清晨大便的习惯，而学习时间不能随时排便，上课时憋住大便也是导致便秘的常见原因。

精神因素，小儿受突然的精神刺激，或环境和生活习惯的突然改变也可引起短时间的便秘。

体格与生理的异常，如肛门裂、肛门狭窄、先天性巨结肠、脊柱裂或肿瘤压迫马尾等都能引起便秘。应进行肛门指检、下部脊柱和会阴部检查。有的患儿生后即便秘，如有家族史，可能和遗传有关。